Bagamér történelme több mint 700 évre nyúlik vissza. A települést a Gutkeled nemzetség telepítette. Az első írásos említése 1281-ből származik Bagomer néven. A váradi káptalan 1292-ben kelt határjáró oklevelében rögzítette a település nevét és határait a szomszédos falvak Álmosd, Serénd (Érselind) és a mára eltűnt Györgyegyháza irányába.
Györgyegyháza emlékét a középkori templomának elporladt téglái és a rétre vezető Györgyi út őrzi. Más írásos emlék szerint Álmosddal kirobbant összetűzései során az álmosdi jobbágyok 1292-ben lerombolták, majd felégették az akkori Bagamért.
A váradi káptalan birtoka lett a falu 1348-ban, melyet az 1552-es Bihar vármegyei összeírás 64 portájával jegyzett fel. Az 1570-es évek bagaméri népességére a török defterből (adólajstorm) következtethetünk. Ekkor 29 családfőjével, ugyanennyi házával és a templomával került a lajstromba.

A következő évtizedekben a falu kezdett elnéptelenedni, melyre a Bocskai István erdélyi fejedelem birtokaként nyilvántartott 11 portája utal. A Bocskai Istvánt követő fejedelmek folytatták a hajdúk kiváltságolásának szokását Bihar vármegyében. Ilyen adományozás nyomán emelkedett Bagamér a XVII. század elején a bihari „kishajdú” városok rangjára. Az ide telepített hajdúk 1611-ben nyerték el szabadságlevelüket.
1660 után a török és tatár pusztítások csaknem elnéptelenítették Bagamért. 1692-ben a török kiűzését követően készült összeírás alkalmával csupán 12 családot jegyeztek fel a faluban.Kincstári birtokként szerzett szabadságukban II. Rákóczi Ferenc fejedelem még kétszer megerősítette az itt lakókat, de 1716-ra ismét a váradi káptalan birtokába kerültek. Erre az időszakra tehető Bagamér lakosságának újratelepítése, amely valószínűsíthető, hogy a szomszédos megyék lakosságából történt. A mai lakosság jelentős részének ősei az ekkor betelepített jobbágygazdák voltak. 1772-ben ismét összeírták Bagamér lakosságát. Az urbális összeírás 120 telkes gazdát és 54 zsellért jegyzett fel az akkoriban már mezővárosi rangú Bagamérban.
1785-re – a II. József által elrendelt népszámlálás adatai szerint – Bagamér 223 házában már mintegy 1250 lakos élt. A mezőváros vezetősége a főbíróból, az albíróból valamint a tanácsosokból állt. Annak ellenére, hogy a többszöri újratelepítések következtében a lakosság jelentős  része nem volt hajdú-származású, a lakosság folyamatosan harcot vívott a korábbi hajdúkiváltságok visszaszerzéséért.1848-ban a jobbágyfelszabadítást követően megkezdődött a volt úrbéres gazdáknak a földesúrtól való elválása. Bagamér csaknem az 1945. évi földosztásig a váradi káptalan tulajdonában maradt.A település 1882 és 1950 között Bihar vármegye érmihályfalvi, majd székelyhídi-nagylétai járásában volt nagyközség. A kor többi nagyközségéhez hasonlóan elöljárósága főbíróból, törvénybírából, községgazdából és esküdtszékből állt.
A vezetőjegyző és a mellette dolgozó segédjegyző fokozatosan vált a megye és az állam képviselőjévé. 1950-ben került bevezetésre a tanácsrendszer, amely megváltoztatta a hagyományos paraszti önkormányzatokat, illetve azok maradványait.
Közigazgatási jogállását tekintve 1950-től önálló tanácsú község. Két külterületének - Gyulatag (3 km) és Külső-Liget (8 km) - egy része 1972-ben Nyírábrányhoz került. 1973-ban Álmosddal közösen a nagyközségi közös tanács székhelytelepülése lett. 1990 után maradt nagyközségi jogállása.